職場の電話が鳴った際に、休憩時間中の従業員が電話に出ることがあります。従業員にはその分の賃金を支払うことにしていれば、問題はありませんか？

休憩時間は、労働から完全に解放された時間ですので、電話が鳴ったら電話対応をしなければならない時間や実際に電話対応した時間は含まれません。
その時間は労働時間ですので、当然に賃金が発生します。
もっとも、賃金を支払えば問題が解決するわけではありません。
労働基準法では、労働時間が6時間を超える場合には45分、8時間を超える場合には1時間の休憩を、労働時間の途中に与えなければならないとしています（労基法34条1項）。
つまり、6時間を超える労働時間の従業員に対しては、休憩を取らせることが義務付けられており、休憩時間分の賃金を支払ったとしても、この義務はなくなりません。
そのため、従業員に休憩を取らせるためには、休憩時間中は電話対応を行わない体制とすることや、従業員の休憩時間をずらして電話当番を決めることなどを検討する必要があります。

なお、休憩は従業員に一斉に与えなければならないとされており（労基法34条2項）、従業員の休憩時間をずらすには、労使協定で定めておくことが必要ですので、この手続きも忘れないようご注意ください。